I corridori del piano terra del chiostro presentano una pavimentazione di natura piuttosto eterogenea realizzata con mattoni in cotto; all'interno della stessa tipologia sono riconoscibili diverse fasi di esecuzione. La pavimentazione individuata come originaria risale probabilmente ai primi anni del XVII secolo. Questo primo pavimento è rintracciabile soprattutto nei corridori ovest e nord e mostra una tessitura a fascia e bindello lungo i lati che serve per regolarizzare il perimetro e all'interno contiene una posa a spina di pesce (fig. 1) interrotta da una fascia di mattoni posti di coltello in corrispondenza degli incroci tra i corridori. I mattoni hanno una dimensione che varia dai cm 13 x 25.6 ai 13.5 x 26. 8 con un giunto anch'esso variabile da cm 1.3 a 2.8. Tutto il pavimento è inquinato da una serie di riprese e sostituzioni successive che ne hanno alterato l'aspetto iniziale e che possono in prevalenza essere ricondotte a due diversi momenti storici. Le prime sostituzioni sono forse attribuibili al XVIII secolo. I mattoni sono di dimensioni leggermente maggiori variabili da cm 14 x 27 - 30 e la fattura risulta diversa dai precedenti, come il colore tendente di più al rosato. In alcune zone, concentrate soprattutto nel corridore nord dove è maggiore la quantità di pavimento originario, si osserva il tentativo di riprenderne il disegno e di rispettarne lo schema, cercando di adeguare mattoni di dimensioni diverse alle lacune; negli altri corridori invece lo stesso tipo di mattone è inserito in modo più disorganico e la posa in opera trascura la tessitura iniziale tagliando addirittura i mattoni esistenti per inserire i nuovi. Le reintegrazioni più recenti, attribuibili al restauro di Antonio Muñoz derogano completamente dalle regole della prima composizione, anche causa delle maggiori dimensioni dei mattoni, cm 15 x 30 circa di fattura industriale e con un impasto piuttosto grossolano. In un solo caso negli interventi del novecento sono stati usati mattoni di recupero ovvero nella reintegrazione della lacuna lasciata dalla demolizione di un tramezzo nel corridore nord. Tutta la pavimentazione si trova in uno stato di degrado piuttosto avanzato causato soprattutto dalla notevole presenza di umidità dovuta sia alla risalita capillare sia alla notevole quantità di sali e nitrati che si sono accumulati all'interno del materiale. Quest'ultimo fenomeno è acuito dal fatto che, come risulta dai saggi effettuati, lo strato di allettamento è poggiato direttamente contro terra. Inoltre tutta la superficie è ricoperta di uno spesso strato composto da licheni ossidati e stratificati, grassi consolidati di varia natura e cemento. Quest'ultimo è quello che pone i maggiori problemi sia di tipo estetico sia di degrado visto che è presente in quantità piuttosto estesa, soprattutto nel corridore sud e nel tratto sud del corridore est. Tutti i giunti dell'intera pavimentazione presentano una stuccatura a cemento che, unita allo strato superficiale, impedisce la traspirazione aggravando ulteriormente i problemi di ristagno dell'umidità. Dai test preliminari di pulitura effettuati (fig. 2), è risultato che gli impacchi hanno rimosso soltanto strati e depositi di altra natura ; per eliminare il cemento invece, è necessaria una rimozione di tipo meccanico piuttosto delicata perché tende a distaccare anche la pellicola superficiale del mattone. Quanto descritto, unito ai risultati dei test, indica che il trattamento da eseguirsi per il recupero del pavimento dovrà variare in funzione delle diverse situazioni che si incontrano sulla superficie e soprattutto dovrà garantire un risultato estetico che si armonizzi con il contesto (fig. 3). Oltre al valore storico e documentario infatti, la pavimentazione ha il pregio di dialogare con l'intero ambiente e di contribuire in maniera significativa all'immagine del luogo, anche e per le stesse condizioni di usura in cui si trova e delle trasformazioni suuccedutesi nel tempo. Per questi motivi è stata esclusa la possibilità di rimuoverlo a favore di un intervento di recupero e di protezione superficiale che nonostante ponga problematiche maggiori, consente di conservare inalterato l'effetto complessivo dell'immagine consolidata; i mattoni che al momento risultano sgretolati e frammentati, saranno stuccati e consolidati con una malta di restauro appositamente studiata e composta per essere compatibile con le caratteristiche del materiale attuale.

Per quanto riguarda le pavimentazioni dei loggiati del piano primo, esse sono ancora più eterogenee di quelle del piano terra. La loro datazione è posteriore al XVII secolo in quanto coprono una pavimentazione più antica in cocciopesto usurata, da mettere in relazione con le trasformazioni subite dal chiostro per la sopraelevazione e la creazione delle volte. Le dimensioni sono piuttosto vari : da 26 x 13 cm a 29 x 14 cm con posa in opera altrettanto variegata e rimaneggiata. Sono presenti le seguenti tipologie di posa in opera: fascia e doppio bindello con spina di pesce al centro (fig. 4); spina di pesce al centro che si interrompe in corrispondenza del parapetto con fascia semplice lungo la parete; doppia fascia su di un lato e fascia singola sull'altra con il centro è tessuto a canestro (figg. 5, 6). All'interno delle tre diverse tipologie, sono presenti tutta una serie di riprese di vario tipo che esulano completamente dallo schema all'interno del quale vengono inserite e, soprattutto, sono realizzate con mattoni talmente diversi da quelli preesistenti che alterano, oltre alla tessitura, anche l'aspetto cromatico dell'intera pavimentazione. Tutto il pavimento ha perduto lo strato superficiale e si osservano fessurazioni e fratturazioni in corrispondenza delle chiavi delle volte sottostanti . Il loggiato est è stato tamponato e al suo interno sono stati realizzati degli ambienti ad uso del monastero e per questo il pavimento originario è stato sostituito con uno moderno in grès di colore verde che non presenta particolari alterazioni ma risulta inadeguato al contesto.

Gli interventi da eseguire per il recupero del pavimento prevedono inizialmente la sostituzione dei mattoni frammentati con altri realizzati appositamente di dimensioni uguali a quelli tolti e la pulitura e rimozione meccanica delle fughe stuccate in cemento e di tutte quelle stuccature improprie presenti per grossa quantità. Segue poi la pulitura con impacchi di polpa di carta con acqua satura di carbonato di ammonio additivato con sale bisodico e lasciato agire per 24 ore, successivo lavaggio con acido tamponato, spazzolatura dei licheni e dei grassi, aspirazione dei detriti e risciacquo finale con acqua. Nelle zone in cui è presente lo strato di cemento, questo andrà rimosso meccanicamente dopo aver effettuato l’impacco. Successivamente verranno riprese le fughe ed eseguite delle stuccature, ove necessario, realizzate con composto di inerte pozzolanico e cotto pesto a grana variabile, grassello di calce e cemento nelle debite proporzioni, il tutto in brodo di grassello, a seguire leggera carteggiatura. Il trattamento conservativo prevede un passaggio di prodotto antimuffa ed antilicheni.